面肌痉挛的发病原因主要有继发因素和原发因素，原发性面肌痉挛主要是面神经短路引起的，因为面神经在有一个部位叫小脑角和周围很多血管有粘连或者和周围的神经有粘连，当粘连引起神经和神经之间短路，或者神经和小脑角短路之后就会引起面神经的过度放电，这时候就会引起面肌痉挛。
继发性面肌痉挛，是由于脑部的肿瘤，患脑部肿瘤以后特别小脑和小脑里的肿瘤会压迫面神经或者是面神经核，同样可以引起面神经的过度放电之后就会出现面肌痉挛。患面神经炎以后，面神经的髓鞘生长不完整，有缺陷也容易产生神经和神经之间的短路，即而产生继发的面肌痉挛，也被称为面肌联动症。
血管因素：目前已知的有80%-90%面肌痉挛是面神经出脑干出（REZ）区存在血管压迫。包括：小脑前下动脉（AICA)和小脑后下动脉(PICA）为主，椎动脉（VA）、基底动脉（BA）亦可压迫面神经。多根血管袢状、无名动脉及静脉也是受压因素。
非血管因素：桥脑小脑角（CPA）的非血管占位性病变，如肉芽肿、肿瘤和囊肿等因素可导致面肌痉挛。后颅窝的一些占位性病变也可导致面肌痉挛。在年轻患者中局部的蛛网膜增厚可能是引起面肌痉挛的主要原因。
基于原发性面肌痉挛的血管压迫原因，目前临床上唯一可以根治面肌痉挛的只有显微血管减压手术。手术是在显微镜的引导下，找到压迫面神经的责任血管进行分离，神经垫棉放在面神经和血管之间，完成减压。手术能够保留神经的解剖完整，手术效果明显、非破坏性、副损伤少、98%根治率。是目前国际公认的治疗面肌痉挛最安全、最有效的方法。
